抓住火焰鸟后，玩家需要返回枯叶市的港口，乘坐船只前往一号岛屿。在一号岛屿的大型PC大厅内，找到机器前的工作人员对话，会触发红蓝宝石被盗的剧情。需要前往捕捉火焰鸟的火山区域，这里会遭遇火箭队成员，击败他们后进入洞穴深处获取红宝石。将红宝石交给工作人员后，四至七号岛屿的航线会开通，玩家可以前往四岛继续探索。这一阶段的关键是确保红宝石顺利交付，以解锁后续岛屿的访问权限。
获得前往四岛的通行权后，玩家需要前往六岛右侧的海滩冲浪，进入遗迹山谷。穿过绿色小径和森林后，在尽头洞穴中使用一字斩打开石门。洞穴内部是一个小型迷宫，玩家需要在其中找到蓝宝石。需蓝宝石会被火箭队成员抢走，但会留下另一段密码线索。需要返回五岛，将密码输入特定装置以开启石门，击败内部的火箭队成员后夺回蓝宝石。这一过程要求玩家具备一定的解谜能力和战斗准备。
夺回蓝宝石后，玩家需要将其带回一号岛屿交给网络中心的工作人员，完成通讯系统的修复。游戏会开放七岛的访问权限，玩家可以乘船前往最后的探索区域。在七岛的山谷中央有一个隐藏洞穴，需要按照特定路线进入。如果之前尚未捕获闪电鸟和急冻鸟，建议在此阶段完成三神鸟的收集。闪电鸟位于无人发电厂深处，急冻鸟则需在双子岛推石挡瀑后于洞穴最底层遇见。这些神兽的捕获将为后续挑战提供重要战力支持。
最终阶段需要前往水蓝市，在完成所有岛屿任务后，超梦会在特定洞穴出现。该洞穴位于华蓝市上方桥梁左侧，需使用冲浪和碎岩技能抵达最深处。建议队伍中携带至少60种不同宝可梦以触发全国图鉴升级条件，这会影响后续剧情发展。完成超梦捕获后，玩家可以返回精灵联盟挑战强化版的四天王，他们的队伍等级和战术配置会显著提升，需要做好充分的资源准备和属性搭配。
整个流程中需要注意随时存档以避免意外情况导致进度丢失，特别是在迷宫探索和关键战斗前。岛屿之间的任务存在逻辑关联，必须按顺序完成红蓝宝石的收集与交付。队伍配置建议保持属性平衡，飞行系和水系宝可梦在岛屿探索中具有特殊优势。道具方面需准备足够的回复药剂和技能机器，如冲浪、碎岩等技能对地形突破至关重要。
