少年三国志42的故事背景设定在东汉末年，以灵帝时期宦官专权为开端。仙师左慈悄然降临灵帝寝宫，留下一句天下大势，合久必分、分久必合的预言。灵帝将幼子托付给左慈，并暗中将传国玉玺交予幼子，希望他能匡扶汉室。这段序章奠定了游戏的核心脉络——少年身负帝王命格，却因乱世卷入纷争。
游戏第一章少年心事当拿云聚焦刘关张的早期经历。幽州太守刘焉因黄巾军逼近招兵，刘备因望榜长叹结识张飞、关羽，三人结拜投军。陇西董卓野心渐显，意图招揽屡战屡胜的刘关张未果，转而派兵围攻。这段剧情通过传统三国人物关系，引出少年与主要势力的初次交锋。
第二章世外悠悠隔人间引入关键角色——灵帝幼子。这名少年自幼在渭水仙境跟随左慈修行，因目睹人间疾苦，私自下山解救被董卓围攻的刘关张。他施展仙法击退大军，并从刘备口中得知自己身世之谜。少年决定告别仙境游历乱世，却隐瞒身份自称乱世之王，为后续剧情埋下伏笔。
故事通过双线叙事展开：明线是刘关张对抗董卓等势力，暗线则是少年寻找自我使命的过程。灵帝托付玉玺的伏笔与少年匡扶汉室的成长目标相呼应，而左慈的预言暗示了历史进程不可逆转。这种改编既保留三国史诗感，又赋予少年角色超越历史的奇幻色彩。
游戏背景的独特之处在于将仙侠元素与传统三国融合。少年身负仙术却心怀苍生，其行动逻辑既有左慈教导的天道无常，又有对乱世百姓的悲悯。这种设定让玩家既能体验策略战斗，又能感受角色在命运与责任间的挣扎。
历史事件与仙侠设定的碰撞，让玩家在熟悉框架中探索未知可能，这正是其故事设计的精妙之处。
