门派选择是游戏进程的核心环节之一。游戏内门派分为初始门派和隐藏门派两大类，初始门派包括正派、邪派和中立门派，如少林、武当、明教等，而隐藏门派如丐帮、桃花岛、古墓派等需满足特定条件才能加入。初始门派的加入通常只需完成对应章节任务或达到属性要求，例如唐门需身法30，明教需根骨35。隐藏门派的加入条件更为复杂，要求玩家保持散人身份（未加入任何门派）并积累5000经验值才能触发后续剧情。散人玩家需在第一章将基础武学修炼至一定等级，如基本内功50级、基本刀法50级，以确保前期生存能力。
隐藏门派分布于特定章节，例如丐帮在第二章通过送酒任务加入，五毒教限定女性角色在第四章加入，古墓派需容貌达标在第五章加入。日月神教在第七章需击杀叛徒，慕容山庄在第九章开放，大理段氏在第十章可加入。这些门派的武学体系往往具有独特性，如五毒教的毒术、古墓派的轻功，但加入前需权衡前期发育速度与后期潜力。隐藏门派一旦加入便无法更改，且部分门派如桃花岛存在二次拜师机制，要求悟性达到27。
对于希望转换门派的玩家，游戏提供转生机制。角色达到600级后可进行转生，重置所有门派武学但保留江湖武学与部分属性。每次转生会获得额外先天属性点，1转到5转分别获得30/40/50/50/50点，用于优化新门派的培养路线。转生后需重新通关第35章才能继承前角色50%的江湖武学经验，此机制适合追求多门派体验的玩家，但需承担战力暂时下降的风险。
门派选择需结合武学特性与个人玩法偏好。正派如少林、武当侧重均衡发展，邪派如星宿海追求爆发输出，中立门派如唐门擅长暗器与机关。部分门派存在一拖三武学体系，如葵花大法可同时作为剑法、招架和内功使用，大幅节省潜能消耗。建议新手优先选择成长曲线平滑的门派，如铁掌帮的断云斧路线，其武学易获取且攻防兼备，适合0-1转阶段过渡。
例如丐帮通过乞讨任务获取门贡，少林通过禅修考核提升内功修为，这些机制直接影响高阶武学解锁效率。部分门派存在隐藏考核，如天山派需完成寒冰试炼才能学习顶级心法。建议加入门派后优先提升与主修武学关联的属性，如剑法门派专注臂力与身法，拳法门派侧重根骨与内力，以最大化输出效率。
