要进入三周目战斗，首先需要完成一周目和二周目的全部主线剧情，包括击败四天王和冠军，并触发二周目隐藏剧情。一周目通关后，系统会提示存档并开启二周目内容，需重新挑战道馆并解锁新区域。二周目通关后，通过特定条件如收集全部徽章或完成特定任务，才能激活三周目战斗。
完成二周目后，玩家需前往1号岛屿的PC中心与研究员对话，获得三周目开启的关键道具。随后前往4号岛屿的冰洞，使用冲浪和攀瀑技能进入深处，击败火箭队成员并触发冰天王剧情。此处需注意冰洞内的迷宫设计，部分区域需要反复尝试才能找到正确路径。
三周目的战斗难度显著提升，对手的精灵等级和战术配置更为复杂。建议提前培养多属性队伍，重点强化速度和控制技能。在5号岛屿的迷宫内可获取高级进化石和技能机器，这些道具对队伍强化至关重要。迷宫走法需遵循特定顺序：右-上-下-下-右-左-下-右-上，最终触发女孩对话并获取隐藏道具。
三周目的最终战斗位于7号岛屿的战斗塔，需连续击败多层训练师才能挑战守关者。战斗塔内无法中途恢复精灵状态，因此需合理分配回复道具和技能PP值。胜利后与塔顶NPC对话，可获得进入三周目最终区域的权限。
三周目战斗的核心在于资源管理和战术预判。建议在挑战前完成全部隐藏任务，如收集蓝宝石和唤醒卡比兽，以确保队伍强度。通过反复练习和调整阵容，可逐步适应三周目的高难度战斗节奏。
