成功捕获火焰鸟后，玩家需要继续推进主线剧情或探索其他传说宝可梦的踪迹。火焰鸟作为三圣鸟之一，其捕获标志着游戏中期进度的关键节点，建议优先完成剩余的道馆挑战以解锁联盟资格。灰烬火山区域探索完毕后，可返回枯叶市利用船票前往其他岛屿，第一岛的任务完成后会解锁后续岛屿的剧情线，其中隐藏着闪电鸟与急冻鸟的线索。
若尚未集齐八枚徽章，下一步应聚焦于挑战剩余道馆馆主。电系道馆位于枯叶市，需在垃圾桶内寻找隐藏开关；超能系道馆位于紫苑镇附近的彩虹市，需先解决火箭队基地事件获取透视镜。每击败一名馆主会解锁新的秘传技能使用权限，如冲浪术和怪力术，这些技能对后续探索至关重要。建议在道馆战前提升队伍等级，尤其是水系或岩石系宝可梦以应对电系与超能系对手。
完成主线剧情后，可着手捕捉其他传说宝可梦。闪电鸟位于无人发电厂，需从枯叶市往东穿过地鼠洞穴抵达；急冻鸟则栖息于双子岛的冰窟深处，需使用冲浪术和碎岩术穿越迷宫。两者均为50级，建议携带催眠或麻痹类技能提高捕获率。超梦的捕获是二周目的核心目标，需在击败四天王后前往华蓝洞窟，队伍中需配备至少一只强力的恶系或虫系宝可梦以对抗其超能属性。
最后阶段可专注于队伍培养与隐藏要素挖掘。狩猎地带提供稀有宝可梦如袋龙与肯泰罗，需利用钓竿和步数限制策略；七岛任务链中隐藏着代欧奇希斯的支线剧情。若追求全图鉴，需通过联机交换获取版本独占宝可梦，如叶绿版的化石盔与火红版的化石翼龙。战斗塔和训练师塔则是检验队伍强度的理想场所，建议配置平衡的攻防阵容以应对连续挑战。
